沿革
| 1859（安政6年） | 箱館医学所として設立計画 |
|---|---|
| 1860（万延元年） | 箱館医学所創設（現在弥生町8番地） |
| 1869（明治2年） | 官立函館病院に名称変更 |
| 初代院長、馬島 譲氏 就任（明治10年11月退任） | |
| 1872（明治5年） | 開拓使医学校併設 |
| 1878（明治11年） | 2代院長、深瀬 鴻堂氏 就任（明治24年4月退任） |
| 1882（明治15年） | 開拓使廃止、函館県となる |
| 1884（明治17年） | 県立函館病院に名称変更、医学校は県立函館医学校に名称変更 |
| 1886（明治19年） | 県廃止北海道庁となる。函館病院を県立から庁立に移管 |
| 1888（明治21年） | 函館医学校廃止 |
| 1891（明治24年） | 公立函館病院に名称変更 |
| 3代院長、佐方 潜蔵氏 就任（明治24年7月退任） | |
| 4代院長、佐藤 廉氏 就任（明治27年2月退任） | |
| 1894（明治27年） | 5代院長、中 文雄氏 就任（明治29年7月退任） |
| 1896（明治29年） | 6代院長、佐藤 廉氏 就任（明治33年5月退任） |
| 1899（明治32年） | 区政施行、区立函館病院に名称変更 |
| 1901（明治34年） | 区立函館病院附属精神病室創設 |
| 1904（明治37年） | 7代院長、饗場 守三氏 就任（明治40年9月退任） |
| 1908（明治41年） | 区立函館病院から精神病室が独立、区立函館精神病舎に名称変更 |
| 1909（明治42年） | 8代院長、西村 安敬氏 就任（大正12年9月退任） |
| 1921（大正10年） | 区立函館精神病舎焼失により区立中ノ橋伝染病院、警察留置場に仮収容 |
| 区立中ノ橋伝染病院を増築、仮精神病舎設置 | |
| 1922（大正11年） | 市制施行、区立函館病院から市立函館病院に移管 |
| 仮精神病舎を市立函館精神病院と改称 | |
| 1923（大正12年） | 9代院長、爾見 淳太郎氏 就任（大正15年4月退任） |
| 1924（大正13年） | 市立函館精神病院を函館市大字亀田村字柏野（現柏木町3番先）に新築移転、 市立柏野病院と改称 |
| 1926（大正15年） | 10代院長、山脇 正次氏 就任（昭和17年9月退任） |
| 1931（昭和6年） | 市立柏野病院所在地が函館市柏木町に改正したことに伴い、市立柏木病院 と改称 |
| 1942（昭和17年） | 11代院長、馬場 達雄氏 就任（昭和23年9月退任） |
| 1948（昭和23年） | 医療法施行、市立函館病院の設置科 内科・外科・産婦人科・小児科・眼科・ 耳鼻咽喉科・歯科・理学診療科となる |
| 12代院長、橋本 昌武氏 就任（昭和55年3月退任） | |
| 1955（昭和30年） | 病院増改築計画策定、昭和31年度～昭和35年 |
| 1956（昭和31年） | 病院増改築事業着手 |
| 1957（昭和32年） | 皮膚科設置 |
| 1959（昭和34年） | 整形外科設置、消化器科設置、呼吸器科設置（内科より独立） |
| 1961（昭和36年） | 病院増改築5ヶ年事業完了、病院増改築第2次3ヶ年事業着手 |
| 1962（昭和37年） | 循環器科設置 |
| 1963（昭和38年） | 病院増改築第2次3ヶ年事業完了、放射線科設置、理学診療科廃止 |
| 市立柏木病院が市立函館病院との合併により市立函館病院分院と改称 | |
| 1965（昭和40年） | 病院併設隔離病棟を急性伝染病棟として許可35床 |
| 1967（昭和42年） | 南病棟、RIセンター増改築 |
| 1969（昭和44年） | 脳神経外科設置、泌尿器科設置、西病棟改築（救急センター設置） |
| 1970（昭和45年） | 第2外科（心臓外科）設置 |
| 1972（昭和47年） | 臨床研修病院の指定・救急病院の認定を受ける |
| 1973（昭和48年） | 北病棟増改築 |
| 分院を函館市鱒川町に新築移転、呼称名 鱒川病院 | |
| 1976（昭和51年） | 分院所在地が町名変更により西旭岡町3丁目と改正、分院呼称名も旭岡病院と 改称 |
| 1978（昭和53年） | 病理研究検査科設置、臨床検査科設置、検査棟・手術棟増改築 |
| 1980（昭和55年） | 分院敷地整備工事完成（農耕場・野球場・公園・散策路として整備） |
| 13代院長、大槻 弘氏 就任（平成4年3月退任） | |
| 1981（昭和56年） | 救命救急センターの指定を受ける |
| 1984（昭和59年） | 精神神経科設置，西病棟増築 |
| 1985（昭和60年） | 地域センター病院の指定を受ける |
| 1988（昭和63年） | 外来管理病棟増築、神経内科設置 |
| 1989（平成元年） | 健康管理センター開設、駐車場新設（A駐車場、3階建153台収容） |
| 分院に精神科デイ・ケア専用施設新設 | |
| 1991（平成3年） | MRI室新設 |
| 1992（平成4年） | 14代院長、今谷 英男氏 就任（平成9年3月退任） |
| 1993（平成5年） | 診療棟別館完成、リハビリテーションセンター設置 |
| 1994（平成6年） | 温熱療法室新設、地方センター病院の指定を受ける |
| 1995（平成7年） | 中央採血室新設、市立函館病院建替基本構想案公表 |
| 1996（平成8年） | 血液管理室新設、エイズ治療拠点病院の指定を受ける |
| 1997（平成9年） | 血液照射室、医薬品情報管理室（DIルーム）新設、新病院本棟工事着手 |
| 災害拠点病院の指定を受ける | |
| 15代院長、松嶋 喬氏 就任（平成15年11月退任） | |
| 1998（平成10年） | 新病院精神病棟工事着手、臓器提供施設に選定される |
| 2000（平成12年） | 新病院竣工、分院と統合、形成外科・矯正歯科・歯科口くう外科設置 |
| 新たに救急病院の認定を受け、老人性痴呆疾患センターに指定される | |
| 2001（平成13年） | 市立函館病院基本理念を制定 |
| 2003（平成15年） | さい帯血移植実施施設の認定を受ける |
| 新たに臨床研修病院の指定を受ける | |
| 16代院長、長谷川 正氏 就任（平成19年3月退任） | |
| 2004（平成16年） | 非血縁者間骨髄移植実施施設および非血縁者間骨髄採取施設の認定を受ける |
| 市町村合併により、函館市病院事業に恵山病院、南茅部病院が加わる | |
| 2005（平成17年） | リウマチ科設置、6階東病棟無菌室増設、市立函館病院基本理念を改正 |
| 2006（平成18年） | （財）日本医療機能評価機構の病院機能評価の認定を受ける （複合病院バージョン5） |
| 函館市病院局が設置され、地方公営企業法の規定の全部が適用される | |
| 初代病院事業管理者、井上 芳郎氏 就任（平成22年3月退任） | |
| 2007（平成19年） | 17代院長、吉川 修身氏 就任（平成22年3月退任） |
| がん診療連携拠点病院の指定を受ける | |
| 呼吸器外科、リハビリテーション科設置 | |
| 消化器病センター設置 | |
| 2008（平成20 年） | 呼吸器科・消化器科・循環器科を呼吸器内科・消化器内科・循環器内科に 診療科名を改める |
| 乳腺外科・放射線治療科設置 | |
| DPC（診断群分類別包括評価）の導入 | |
| 診療費等のクレジットカードによる納付開始 | |
| 2009（平成21年） | 医療連携業務および退院整理業務の一元化 |
| 医療情報企画課の設置 | |
| IMRT・RALS導入 | |
| 外来問診センター設置 | |
| 2010（平成22年） | 2代病院事業管理者、吉川 修身氏 就任（平成30年3月退任） |
| 18代院長、木村 純氏 就任 | |
| 「なんでも相談コーナー」設置 | |
| 血液内科・消化器外科・緩和ケア科設置 | |
| 診療費等のコンビニ納付開始 | |
| 2011（平成23年） | （財）日本医療機能評価機構の病院機能評価の認定を受ける （一般500床以上バージョン6） |
| 東日本大震災に医療救護班を派遣 | |
| 北海道社会貢献賞（地域医療功労者・救急医療功労者）受賞 | |
| 2012（平成24年） | NPO法人卒後臨床研修評価機構の臨床研修評価の認定を受ける |
| シネアンギオ棟工事着手 | |
| 2013（平成25年） | シネアンギオ棟運用開始 |
| 放射線治療装置の更新 | |
| 臨床検査の国際標準規格ISO15189の認定を受ける | |
| がん薬物療法認定薬剤師研修事業施設に指定 | |
| 本棟整備工事着手 | |
| 2014（平成26年） | 病理診断科・救急科設置 |
| ドクターヘリ就航準備のため、担当職員を配置 | |
| 2015（平成27年） | 道南ドクターヘリが運航開始 |
| 治験センター設置 | |
| 院長が全国自治体病院協議会北海道支部長に就任 | |
| 「地域の医療を守る－市立函館病院」発刊 | |
| 全国自治体病院学会in函館（学会長として開催） | |
| 本棟整備工事完了〈救命救急病棟運用開始、分娩再開〉 | |
| TAVI（経カテーテル大動脈弁置換術）を施行する施設として認定を受ける | |
| 2016（平成28年） | （公財）日本医療機能評価機構の病院機能評価の認定を受ける （主たる機能：一般病院2、機能種別版評価項目3rdG：Ver.１.１） |
| 入院支援センター設置 | |
| 脳死下臓器提供（当院2例目） | |
| 2018（平成30年） | 地域医療支援病院の指定を受ける |
| 3代病院事業管理者、氏家 良人氏 就任 | |
| 19代院長、森下 清文氏 就任 | |
| 2019（平成31年） | 脳死下臓器提供（当院3例目） |
| 2018年度「救命救急センター充実段階評価」 | |
| 北海道・東北の32病院で初めて1位の評価を受ける | |
| 2019（令和元年） | 5月1日新元号となる |
| 医局移転（本棟から旧精神棟に移転） | |
| 患者サポートセンター開設（旧医局跡） | |
| メディカルシミュレーションセンター開設（旧精神棟多目的室跡） | |
| 札幌医科大学と災害時における医師派遣に関する協定締結 | |
| 2020（令和2年） | 新型コロナウイルス感染症拡大 2月陽性患者の受入を開始 4月全国に緊急事態宣言が発出される |
| 化学療法室移転 | |
| 2021（令和3年） | 特定行為研修指定研修機関の指定を受ける |
| 脳死下臓器提供（当院４例目） | |
| 2022（令和4年） | 手術用ロボット手術ユニット（da Vinci）導入 |
| （公財）日本医療機能評価機構の病院機能評価の認定を受ける （主たる機能：一般病院2、機能種別版評価項目3rdG：Ver.2.0） | |
| 2023（令和5年） | 5月新型コロナウイルス感染症の感染症法上の位置づけが５類へ移行 |
| 紹介受診重点医療機関として選定される | |
| 2024（令和6年） | 能登半島地震被災地へDMATを派遣 |
| がんゲノム医療連携病院の指定を受ける |